La historia de Naruto comienza en una villa de ninjas, la Villa Oculta de la Hoja, una villa habitada por ninjas que viven en paz y armonía con el medio que les rodea. En esta villa se encuentra Uzumaki Naruto, un joven aspirante a ninja que es bastante travieso. El sueño de Naruto no es sólo convertirse en un ninja y comenzar su entrenamiento como tal, sino también convertirse en el Hokage (el máximo título para un ninja) y que todo el mundo reconozca su fuerza y destreza. Naruto es huérfano y por alguna razón la gente de la aldea no le hace ningún caso, lo ignoran y lo detestan. Al llegar el día en que debe examinarse para convertirse en un auténtico ninja y comenzar con el entrenamiento, descubre quién es el realmente; 12 años atrás la aldea fue atacada por un demonio zorro de nueve colas (Kyubi) que arrasó toda la villa y tenía el objetivo de matar a todo ser viviente que se encontrase en ella. Pero este demonio fue controlado y sellado por el Cuarto Hokage, el cual tuvo que dar su vida para ello. El Cuarto Hokage tuvo que sellar al demonio dentro del cuerpo de Naruto cuando éste era un bebé.

Ahora Naruto hace equipo con otros dos ninjas de su edad, Uchiha Sasuke y Haruno Sakura, y junto con su maestro ninja Hatake Kakashi, viven aventuras a lo largo de su duro entrenamiento, pero no sólo en los alrededores de Konoha, sino también por todo el continente en el cual se encuentra dicha aldea.

Naruto es la historia de un ninja: misiones secretas, técnicas, shurinkens, peleas. Pero más que nada, trata sobre lo que es verdaderamente un ninja y como además de ser fuerte se necesita del corazón para triunfar en la vida.